Hijyen denetimleri Ön gereksinim Progamaları’na göre yapılır. Ön gereksinim programları üretilen ürüne bağlı GMP- Good Manufacturing Practice (İyi üretim uygulamaları), GHP- Good Hygenic Practice (İyi hijyen uygulamaları), GVP- Good Veterinary Practice (İyi veteriner uygulamaları), GAP (Good Agricultural practice- İyi Tarım Uygulamları) vb. programları kapsayabilir.Bunu dışında Türk Gıda Kodeksinde ve Avrupa Birliği Mevzuatında hijyen ile iligli yasa veya yönetmelikler bulunmakta ve işyerlerinin taşıması gereken asgari kriterler belirtilmektedir.
Çevre Laboratuvarında hijyen denetimleri işletmenin gıda zincirindeki rolüne uygun olarak ulusal ve uluslararası standartlar göz önüne alınarak hazırlanmış soru listeleri ile yürütülür ve müşterilerinin ihtiyaçlarına göre raporlanır.

Gaita Muayenesi 6 ayda 1
Akciğer Filmi Yılda 1
Burun Boğaz Kültürü Yılda 1

Gıda işletmelerinde uygulanan temizlik programlarının etkinliği yüzeyden alınan örneklerde yapılan mikrobiyolojik analizlerle tespit edilir. Bu konuda örneklemenin nasıl yapılması gerektiği ISO 18593’de belirtilmiştir. Hangi parametrelere bakılması gerektiği ve kriterelerin neler olabileceği konusunda herhnagi bir standart bulunmadığından uzmanlardan destek alınmalıdır.